明朝与日本开展勘合贸易，希望日本政府打击倭寇、保持睦邻友好的出发点是好的，但纵观整个明代，总体而言，勘合贸易的效果并不尽如人意，表现在以下几个方面：
    首先，这是一桩亏本的买卖。
    在双方开展勘合贸易薄来厚往成为惯例，日本所带来货物的价值并不算高，而明朝给予日本的货物及赏赐价值却高许多，相比之下，日本是大赚了，而明朝是大亏了。如宣德年间的一次贸易，日本带来的货物是马20匹，硫磺1万斤，黑漆鞘柄大刀100把，长刀100把，撒金鞘大刀2把，扇子100把，玛瑙20块等。而明朝廷回赐的是银300两，纻丝30匹，纱28匹，罗27匹，彩绢30匹，粧花绒绵6匹，并给付买刀、硫磺的钱等。总体而言，明朝廷回赐和支付的价值远高于日本贡品的价值。
    当时，日本很喜欢上贡刀具，勘合贸易以来共输入明国约20万把的刀，每把刀的造价约800文钱，输入明国后，每把刀卖到数千文钱，甚至高达万文钱，这给明朝政府带来巨大的经济负担。而且后期刀具质量下降，明朝需求饱和，军队也用不上，最后朝廷索性赠给官员当摆设用。此外日本很喜欢上贡硫磺，因为日本硫磺资源丰富，价值低廉，而明朝当时又没什么工业，也用不了那么多硫磺，导致需求过剩，但还得耗费大量白银、铜钱购之。曾经，明朝廷向日本提出限制上贡的数量，压低货物的价格，但日本贡使很不满意，要挟说到时海寇来劫掠那明朝损失更大。明朝廷只好做出让步。这样不讲经济规律的贸易，让明朝廷经济压力加大，在国力强盛的永乐时代朝廷尚负担得起，但随着后来土地兼并严重、财税收入下降、国力下降，要支出这些费用显得比较困难。与之相反的是，日本从中获得巨大的经济利益，获得大量的白银铜钱，特别是得到明朝的丝纱罗绢后，运到日本销售，倍受欢迎，能卖上很高的价格，日本政府和商人从中大赚一把。
    其次，过分的纵容产生消极影响。
    永乐年间，明朝廷诏日本十年一贡，入贡的人限制在两百内，船只限两艘，不得携带军器，违者以寇论。宣德八年（1433年），双方订立《宣德条约》，规定日本每十年来朝贡一次，入贡的人不得超过三百，船不得超过三艘。然而日本并未严守该规定，经常是一年一贡，甚至一年两贡，人员和船只也大大超出约定。如永乐六年（1408年），日本就来上贡两次，船只达到惊人的38艘，远超过2艘的限定。再如，景泰四年（1453年），日本入贡时的船只达9艘，总人数达到惊人的1000多人，所带货物比以前增加数十倍。明朝廷除回赐绢、布外，还需给付白银21万多两、铜钱二十五多贯，然后朝廷没有加以拒绝，而是纵容日本带这么多货来。后来，明朝廷给了丰厚的钱物，即便如此，日本贡使还嫌少，要求多给些。明朝廷不敢断然拒绝，而是继续纵容，又加给付铜钱1万贯。但日本贡使还不满意，赖着不肯走。明朝廷只好示以威福，催促其早日回国。
    日本超人数入贡也给明朝接待带来莫大的麻烦。按当时做法，日方勘合贸易人员需先到浙江宁波市舶司，期间日方人员口粮、菜金以及进京的费用甚至回国途中的口粮，全由明朝供应。听起来真是让人难以置信，但事实就是如此，而且明朝廷所花费用还不只这些，还将住宿费、车马交通费也包了。日方人员到岸后，明朝廷会组织欢迎仪式，赠送食品和酒水，并为他们安排馆舍住下，使臣从宁波到京师途中，各地也要安排好车马和饭食。到达京师后，又得安排使臣吃好住好。倘若人员较少，比如数十人，开支尚可支撑，就当招待客人，体现我们的热情好客，也是应该的，但是日方人员老是不遵守规定，人数总是很离谱地超标，甚至一来就一千多人，这让朝廷开支可就大了，负担可就重了。
    更离谱的是，日本这些客人不守本分，还时不时地竟敢在大明国土撒野，甚至闹出人命，真是欺人太甚。如景泰四年，日本使臣掠夺百姓，大明官员前往责问，却被日本人殴打到几乎死去。成化四年，日本使臣麻答二郎喝酒后持刀伤人，不久伤者死亡，明朝廷却没有对其问罪，连死者的丧葬费还得朝廷出，没有让日方出，美其名曰是体现朝廷“宽宥怀柔之意”，实际是纵容过度了。弘治年间，日本使臣进京途中，在济宁州时有使臣持刀杀人，于是明孝宗下令，今后日本国进贡使臣，来京只限五十人，其余的留在浙江。
    再次，倭寇仍然不停地进犯。
    那么，明朝与日本开展勘合贸易后，有没有有效地抑制倭寇呢？应该说在起初的确取得一定的成效，但是效果并不大。据《明代倭寇史略》统计，永乐至宣德年间倭寇入侵34次，正统至正德年间倭寇入侵22次，嘉靖年间则最严重，达260次以上。可以说，日方一边通过勘合贸易捞取好处，另一边又通过纵容倭寇入侵捞取更大的好处。真是气死人也。
    总之，明朝实行勘合贸易的政策值得反思。明朝实行勘合贸易，并没用把它摆在突出的位置，只是将其作为政治和外交的一个筹码，以此满足天朝地大物博、无所不有的虚荣感，并希望借此抑制倭寇。因此这种不讲经济规律、不求经济利益的贸易政策，终究会随着财政的困难而难以持续长久实行的。
    同时，这种政策也缺乏对日本国情的了解而及时调整。起初的时候，日本室町幕府大将军足利义满统一了日本，有实力对倭寇进行限制，但后来室町幕府实力越来越弱，大权旁落到各地大名，他们不择手段扩大实力，甚至纵容倭寇侵掠大明。在这种情况下，明朝通过勘合贸易禁绝倭寇的指望已经不可能实现，但勘合贸易还是延续了一百多年，实际上产生的作用微乎其微了。
    直至嘉靖二十八年（1549年），明朝才停止了勘合贸易，并继续严格实施海禁，禁止民间对外贸易。这相当于从一个极端走到另一个极端。当时，中日双方贸易需求是存在的，特别是日本很需要中国的货物，严格海禁后，会导致走私的发生，而明朝廷却得不到任何利益。当时兵部尚书郑晓曾建议，允许商贩对外贸易，对载货入港的船货，官方可以从中抽税以充军需，让中日双方都获利，也可以平息海战的烽火。还有个叫张位的官员建议，既然日本来贡不可为，那明朝可以通过船只运送货物到日本售卖，再将日本要上贡的物品载回来，这样不用像日本到明朝上贡那样耗费大量的接待等费用，还可以通过卖给日本货物获利或征收税金获利，以补海上军饷。这些建议确实值得点赞，只可惜嘉靖王朝没有采纳实施。