大明王朝大力实施海禁，禁止私人贸易，但并非禁止一切贸易，而是允许开展官方贸易，即勘合贸易。
    勘合，是大明王朝给予外国开展朝贡贸易的凭证。所谓勘合贸易，就是让海外各国持明朝发给的凭证来华与明朝开展定期的合法的海上贸易，实际上它属于朝贡贸易，又被称为“贡舶贸易”。其贸易方式大体是这样的：外国船只载贡品及各自方物土产来到大明国，朝廷收了贡品、购了方物后，以“国赐”的方式回酬外商所需要的中国物品。勘合贸易由市舶司掌管。而与日本实行勘合贸易的一项主要目的就是希望以此换取日本政府对倭寇行径的抑制。
    明代勘合贸易始于洪武年间，洪武十六年（1383年），明朝廷向暹罗、日本、占城、爪哇、真腊、苏门答腊、满剌加等15国颁发勘合。勘合含有底簿，颁发后由明朝礼部、地方布政司、外国政府各自保存，外国来朝贡时，带上勘合凭证，地方布政司先进行核对，核对无误后，将使团送往京师再核对，核对无误则进行贸易。朱元璋本来想通过与日本开展勘合贸易，能够改善两国关系，让日本政府打击倭寇，但是由于外交努力失败，两国断交，勘合贸易并未实质性开展。
    建文年间，明朝与日本关系得到改善。当时，室町幕府大将军足利义满经过努力，结束了南北朝对立的局面，实现了全国统一。他需要通过明朝开展贸易，获取巨大的经济利益，改善财政窘迫状况，恢复因战乱破坏的社会经济，增强对各地的控制，更好地巩固统治。为此，他派遣使者肥富和僧人祖阿前往大明国。建文皇帝朱允炆积极响应，热情接待。当日本使者要回国时，明朝廷还派遣天伦和一如送日本使者回国。足利义满热烈欢迎明国使者的到来。由此两国关系得到恢复。
    明成祖朱棣即位后，他一方面想通过加强与外国交往树立威信，另一方面想通过与日本交往让日本政府打击倭寇，于是继续保持与日本的交往。在交往的同时双方同意开始勘合贸易。日本船只运来贡物和方物，大明回报厚礼。同时，日本政府很配合地发兵地拘捕倭寇，并将魁首送往大明由朝廷惩处。永乐五年、六年日本又来贡，并献上所捕获的海寇。明成祖朱棣甚为满意。
    然而不久，日本局势有变。公元1408年5月，日本幕府大将军足利义满突发疾病去世，其子足利义持即位。足利义持夺得大将军位置过程是艰辛的，充满斗争。因为其父本想让更加受宠的幼子足利义嗣继位，足利义持只好依靠拥有一定势力的武士进行夺权斗争，并最终成功。而武士不满意幕府垄断与大明国的贸易，也不满幕府打击倭寇的策略。为了迎合武士的需求，足利义持只好改变政策，停止了与大明国的贸易，且有意放纵武士劫掠明国。
    经过不断的交涉，特别是宣德七年明宣宗朱瞻基念四方番国皆来朝贡，唯独日本长久不朝贡，于是命中官柴山前往琉球，让琉球国王转谕日本告知此事。此时日本幕府大将军已是足利义持的弟弟足利义教，他力挺恢复两国关系。于是宣德八年，日本遣使来明国，至此双方才恢复朝贡贸易。此后数十年间，双方一直开展勘合贸易，一直延续至嘉靖年间停止。据《日中交流二千年》一书统计，永乐年间，双方共进行6次勘合贸易；宣德八年至嘉靖二十六年，双方共进行11次勘合贸易。