宴会后，宗设谦道把此事向下属们一说，大家均感到愤慨不已，这些人有不少就是干海盗的，平时就凶狠得很，不怕天不怕地，不顾后果，大家均说要给鸾冈瑞佐教训教训。群情激奋下，大家纷纷来到库房，取出原本已收缴保存的武器，并找到鸾冈瑞佐和宋素卿。
    鸾冈瑞佐和宋素卿见对方拿着武器、人多势众、气势汹汹，而自己没有武器，暗呼不好。鸾冈瑞佐觉得自己是正使，壮壮胆，想说几句，但对方一下子冲了上来，挥着刀就砍人，鸾冈瑞佐一下子就成了刀下鬼，还有另外十几人也被杀死。而宋素卿比较聪明，及时撒腿就跑，先是跑回市舶司嘉宾堂，让市舶司的军兵帮忙保护。但宗设谦道等人杀红了眼，竟然也冲到嘉宾堂，不管三七二十一，就放火将嘉宾堂给烧了，然后又将宋素卿的船只也给烧了。
    宋素卿等人一路跑，宗设谦道等人一路追杀，一直追到绍兴城，宋素卿逃进城了，躲过一劫。宗设谦道等人折回宁波途中，海盗本性暴露无遗，他们沿途到处杀掠，到宁波后，又在宁波城里大肆掠夺。明军见状开始出动，进行阻拦，但明军战斗力较差，根本不是对手，被杀死不少人，连备倭都指挥刘锦、千户张镗、百户胡源等相继战死。而宗设谦道等人却夺船逃向大海。
    这下事情闹大了，惊动了朝廷，皇上和诸位大臣均气愤不已，皇上下令开展调查。宋素卿被关押起来，并进行审问，说出事情经过。朝廷知道是宗设谦道等先动手杀人，要拘捕他们，但他们已经逃走。当时琉球使臣郑绳归国，朝廷命他传谕日本，让日本交出宗设谦道等人，否则闭关绝贡。后来，日本幕府回了封信，说不知宗设谦道这个人，倒是有个叫神代源太郎的主犯，已经被诛戮了。这说明幕府企图移花接木。此外，幕府还不知羞耻地希望大明放回宋素卿，重新赐给勘合和金印。大明朝廷十分无奈。
    不过，恶人有恶报，宗设谦道等人出洋后，船只被风吹倒朝鲜海面，朝鲜守军与之战斗，斩杀了33人，并活捉了几人。随后朝鲜将首级和活捉的人送给明朝。明朝将这些人以及宋素卿判以死刑，宋素卿还没等斩首，就在狱中死了。
    赖恩在此事件中负有重要的责任，但是朝廷并没用予以拘捕，只是撤了他市舶司的职务，另行安排岗位，这让人觉得不可思议，惩处太轻了。
    事情就此处理完毕，但争贡事件产生的影响却是深远的。
    首先导致持续100多年的朝贡贸易大不如前，直至停止。大明朝廷对日本使臣感到失望，甚至产生厌恶心理，不想再和日本开展勘合贸易。当时任给事中的夏言上书说倭患起于市舶，建议罢撤浙江市舶司、福建市舶司，朝廷同意，于是浙江市舶司、福建市舶司暂时停罢（多年后才恢复），各地镇守太监也纷纷被裁撤。此后多年，明朝和日本双方都未开展勘合贸易。直至嘉靖十八年，日本贡使到来，此时不通贡已达十七年，但大明朝廷怀疑其是否诚心效顺，要求进行核实，若诚心则按照规定开展勘合贸易，否则退回。此次贸易一直拖着未办。第二年二月，日本贡使又来，请求颁发新勘合。大明朝廷经讨论后，要求务必缴收旧勘合才能发放新勘合，且将贡期限定为十年，人不过百，舟不过三，其余不可许。嘉靖二十三年，日本使臣入贡时，因与前次入贡只隔五年，没有按照十年一贡的规定期限入贡，且没有带表文来，于是朝廷拒绝日方入贡。嘉靖二十六年，日方来贡，船只四艘，人六百，超过船限三艘、人不过百的规定，于是嘉靖皇帝勒令日本使臣回去。嘉靖二十七年日本使臣又求贡，经过浙江巡抚朱纨斡旋，才允许日本使臣百人进京朝贡，回赐也予以限制。此后便再无日本使团赴明朝贡，勘合贸易就此停止。
    其次海禁更加严厉。争贡之役后，朝廷多下颁布严格海禁的诏令。嘉靖三年，朝廷下令，凡是外国贡船来后尚未上报官方，就先迎接外国商人私自买卖货物的要治罪；私自带外国人收买禁物的也要治罪；制造违反规定样式的海船并私自与外国开展贸易的要治罪。嘉靖四年，兵部下令严查浙江、福建两省双桅船，发现双桅船的就予以拘捕，所载的货物即便不是外国货，也以外国货论处，并发配的边卫戍守。嘉靖八年、十二年，又再下来禁止造违禁大船，发现的需报官拆毁，禁止私自与贼寇交易，以绝后患。从这些禁令说明当时存在百姓造大船与外国交易的情况，朝廷加强防范。
    再次走私更加严重。停止正常渠道的勘合贸易和严格海禁后，就会导致走私的猖獗，可以说，海禁和走私就像一对双胞胎，有海禁就有走私。主要是其利润太大了，海禁更严，则获得的利润就更丰厚。于是乎，日本海盗商人和中国不法商人为了利润，勾结在一起做买卖，这让明朝沿海地区越来越不安定。海盗商人有时不讲信用，动不动就劫掠，尝到劫掠甜头后，索性专门干起劫掠的勾当，这就导致倭患越来越严重。