其次，革渡船、严保甲。朱纨在巡视海道时，海道佥事项高和一些士民说，若不革渡船则海道不可能清平，不严保甲则海防不可能得到恢复。主要是沿海势豪之家与倭寇勾结，利用渡船的名义私造大船运载走私货物，这个现象比较严重。而保甲法，是通过户籍编制来统治人民的制度。将若干家编作一甲，若干甲编作一保。保设保长，甲设甲长。通过联保连坐法，以便对人民实行管制。联保就是各户之间联合作保，互相担保不做某项违法之事，一家有“罪”，九家揭发，若不揭发，十家连带坐罪。
    对于项高和士民的建议，朱纨十分赞同。他也认为有必要切断沿海势豪之家与倭寇的联系，而严保甲是个好方法。于是他下令实施革渡船、严保甲的举措，张贴布告，对百姓进行晓谕，查禁渡船，禁止出海，特别是与倭寇往来，说以前做过的就不再追究，若继续与倭寇勾结将予以重罚。同时，严格保甲法，让百姓互相监督，搜捕奸民。实施该举措后，很快就收到效果，各地百姓互相约束，不敢私自跟倭寇联系。
    再次，妥善处理勘合贸易问题。嘉靖二十六（1547年）日本贡使周良来贡，船四艘，人六百，朝廷以人数超标、与前次上贡间隔未满十年（前一次是嘉靖十八年）为由，勒令日本贡使回去。但是嘉靖二十七年(1548年)时，日本贡使周良又来求贡，人数达六百人。因为此前有“争贡之役”的前车之鉴，处理不当后果不堪设想，因此朱纨比较谨慎，不敢擅自主张，一方面命人登记他们的船，将周良等贡使好好安顿，让他们住进宁波宾馆，吃好住好，避免生事端；另一方面赶紧写奏疏向朝廷请示。
    礼部接报后，向皇上上奏说：“日本前来朝贡的日期、船只和人数虽然违制，但这次他们的表文言辞恭顺，况且离朝贡的日期也不远了，倘若一概加以拒绝，也不好，毕竟他们航海辛劳，应当加以怜悯；倘若稍加纵容，则宗设、宋素卿之争亦可做借鉴，易生变。应敕令朱纨，让他遵循嘉靖十八年朝贡的先例，送五十人进京，其余的人留在当地宾馆，适量加以犒赏，然后谕令他们回国。若有双方互做贸易和防守之事，应让朱纨妥善处理。”皇帝同意。
    但是朱纨认为只送五十人进京太少，于是再次上奏，建议增加人员。后来朝廷同意让他送一百人进京。礼部建议只给这一百人实行赏赐，其余的随行人员不给赏赐。
    但周良还不满足，说贡船高大，必须有五百人才能驾驶，且中国的商船入海后，往往藏匿在岛中作为盗贼，所以要增加一艘船以防海盗，这不是故意违反制度。由此，礼部建议适量增加对贡使的赏赐，并认为以一百人的定制，日本国势必难以遵行，应考虑其贡船的大小适当增加进京人员。皇帝表示同意。
    在贡使等待期间，有奸民投书，散布朱纨要杀贡使的流言，试图激起贡使生变，让朱纨难堪，但朱纨防范甚密，使他们的诡计不能得逞。
    在朱纨的努力下，本次勘合贸易得以平安实施，未发生意外事件。这次勘合贸易也成为绝唱，此后日本再无来大明开展朝贡贸易。
    除了采取以上三大措施外，朱纨还要开展一项更大更重要的行动，即派重兵进攻双屿港，铲平寇盗勾结的大本营。
    嘉靖二十七年（1548年）四月，朱纨任命卢镗为此次作战行动的主将，命海道副使魏一恭、备倭指挥刘恩至以及张四维、张汉等率军在双屿港外围集结，各战船、将士部署到位，只待令下就大举进攻。岛上的倭寇也发觉到了明军到来，预感到危机。四月七日，双屿港风雨交加，大雾弥漫，岛上的倭寇想趁机逃跑，守株待兔的明军趁势出击，杀向寇盗，将士们奋勇杀敌，冲锋陷阵，打得寇盗落花流水，当场斩首和溺水而死者数百人。卢镗还命人焚毁敌人的战舰和营房，由此倭寇的巢穴被荡平。
    卢镗继续追击逃跑的倭寇，在九山洋（位于今浙江象山东南海域）遭遇敌人，激战在此开展，明军大败倭寇，生擒了倭寇头领稽天新四郎，倭寇溺死者无数。倭寇残部继续逃跑，逃往福建的浯屿，朱纨再组织兵力败之。倭寇们逃跑到诏安，朱纨命卢镗、柯乔率领明军在走马溪与敌人大战，擒斩两百多人。其中头领李光头等九十六人被明军擒获，朱纨以便宜行事之权，将他们斩首。
    虽然战斗取得了胜利，但是朱纨没有等来朝廷给予的嘉奖，反而是面临一场暴风骤雨般的猛烈袭击，这是另一种形式的没有硝烟的战斗，并让他处于非常危险的境地。
    因为沿海势豪之家的利益被切断，势豪之家不甘愿停止与倭寇的勾结、丧失走私贸易的利益，故开始疯狂的反扑。他们认识朝中的大臣，想借助大臣的力量对朱纨进行打击。署府事推官张德熹的叔父张珠，因为通倭而被朱纨所杀，张德熹因此痛恨朱纨。张德熹结识御史周亮，找周亮诉说朱纨的坏处，周亮便上疏诬陷朱纨，说朱纨管着两省的军务，每事是远距离遥控，有关部门往来疲于奔命，大为民扰。给事中叶镗也上疏，指出朱纨疲于奔命，难以顾及两省事务，建议不如两省分设大员。其意图是削减朱纨的权力。
    在夏言任内阁首辅时，夏言会帮朱纨遮挡不利的言论，让他放开干。但是，朝局有变，嘉靖二十七年（1548年）时，夏言被严嵩构陷，不仅下了台，还被斩首。由此，朱纨失去了朝中支持他的最大力量。而严嵩踩着失败者的头颅，坐上内阁首辅的大位，开始大肆清算异己。曾经，严嵩通过他的义子赵文华，对朱纨诱之以官爵，让他改变抗倭方针，但朱纨断然拒绝。赵文华是宁波人，与通倭的势豪之家互相勾结，被拒绝后怀恨在心，并向严嵩打报告说朱纨的坏话。因此严嵩和赵文华处心积虑要惩治朱纨，便找言官弹劾朱纨。
    在周亮、叶镗上疏后，吏部也见风使舵，逢迎严嵩。吏部说以前浙江未设巡抚，遇到有重大的事，朝廷才派遣重臣巡视，事宁即止。现在应裁革巡抚，恢复巡视的旧制。嘉靖皇帝也昏聩，竟然同意吏部建言。于是朝廷改朱纨为浙江巡视，让他没法兼管福建的海防事务了，权力大大缩小。朱纨感慨道：“去外国盗易，去中国盗难。去中国濒海之盗犹易，去中国衣冠之盗尤难。”并上疏愤慨陈言：“臣整顿海防，稍有次第，周亮就想削夺臣的权力，致使下属官吏不肯用命。”他还提出明国事、正宪体、扼要害、除祸本、重断决六事，语言多有愤激，并刺向严嵩。严嵩愈加憎恨朱纨。
    削减朱纨权力后，严党仍不罢休，还想置之于死地，于是搜罗朱纨的“罪行”。因为朱纨杀了李光头等九十六人，于是御史陈九德上疏，弹劾朱纨没有报告就擅自杀戮。不久，朝廷不仅免去了朱纨的官职，还命令兵科都给事中杜汝祯对朱纨进行考察审问。朱纨听闻后，一方面志气昂扬，不愿屈服，不怕严党；另一方面心情难受，自知所有的努力将付诸东流，大好的抗倭局面很可能急转直下。他流着眼泪说道：“我贫穷且身体有疾病，又意气自负，不愿意对簿公堂。纵使皇帝不想杀我，浙、闽的势家豪强一定会杀我。我死，自己解决，不需他人动手。”然后写好墓志铭，作绝命词，喝毒药而死，年仅56岁。朝廷真是自段栋梁、自毁长城。朝廷本要逮捕朱纨，但是朱纨已经死了。那怎么办？于是把朱纨的得力副手卢镗和柯乔以及参将尹凤逮捕关押起来，还把卢镗和柯乔定为死罪。
    朱纨是个很有作为的官员，他竭力为国家杜绝祸乱的根源，既阻止寇盗勾结，又夺回双屿港，还妥善开展勘合贸易，功绩赫赫，且清正廉洁，只是被势豪之家和严党所构陷，朝野人士无不为之叹息。朱纨去世后，朝廷不再设浙江巡视大臣的职位，大臣都不敢说海禁方面的事，对走私贸易、寇盗勾结之事基本上是放任不管。浙中卫所四十一个，战船四百三十九艘，尽皆荒废。原本朱纨将从海盗捕获的四十余船，分布在海道，其中在台州海门卫就有十四艘，构成黄岩县的外部屏障，但朱纨去世后，副使丁湛将它们全都遣散，撤销军事防备，放开海禁。
    果然不出朱纨所料，不久海寇又大作，毒害东南十余年。官员和百姓不禁想念起朱纨来，可是朱纨已逝。这也折射出朝廷腐败，忠奸不分。此前，虽然嘉靖皇帝昏聩，但有夏言在，政府还能保持正能量、积极有效运转；如今嘉靖皇帝昏聩，但内阁却是奸臣严嵩把持，施政只顾私利，不顾大局，昏招不断，那国家就麻烦了。且除掉朱纨、废弛海防只是昏招的开始，接下来，朝廷的昏招还将频频出现，令人瞠目结舌。