大致剧透
    蔷薇少女已经播放了2季，在第一季中由于金丝雀和雪华绮晶没有出现，爱丽丝游戏没有完全展开。相反，真红希望姐妹们能和平相处。她不希望任何人因失去蔷薇圣母而成为真正的人偶，因此雏莓、苍星石、翠星石与真红都在樱田家希望能过上安静的生活，而水银灯在第1季中却显的格外凶残。为了成为爱丽丝不惜伤害姐妹，最终在纯的梦境里被真红打败。第1季就此完结！
    第2季是上作的续作。前作埋下的伏笔在第2季中很快便显现出来：先是樱田家聚集了5个蔷薇少女（金丝雀后来加入）使得游戏很快便开始了。而第1季里的水银灯，因为没有被真红拿走蔷薇圣母，重新复活！而且在第1季的战斗中，水银灯也意识到契约者的重要性而与小惠签定契约。当她看到小惠病危时，所以一向独来独往的她选择了与蔷薇水晶合作!
    战斗由苍星石被水银灯打败而一触即发。在第1季被真红打败的雏莓，虽然真红没有拿走她的蔷薇圣母在游戏完全展开时不得不变成人偶！最后决战在N之领域的蔷薇园进行。纯为了阻止战斗，也进入了蔷薇园。水银灯vs真红蔷薇水晶vs翠星石。当蔷薇水晶将要打败金丝雀时，翠星石因不想再看到任何人失去蔷薇圣母，毅然牺牲自己保护了金丝雀。当金丝雀看到翠星石为保护自己而失去蔷薇圣母时，原本胆小的她勇敢的拿起了小提琴，在折断蔷薇水晶的手臂后，金丝雀也无能为力的被蔷薇水晶打败。血红色的玫瑰花瓣洒满了整个蔷薇园，并不想战斗的真红被蔷薇水晶和水银灯的逼迫下只好选择战斗。牺牲了这么多姐妹，真红哭了！真红决定将由自己完结这个残酷的游戏。
    Game进入了最后阶段，真红真的很强，那是被逼无奈的，当水银灯被蔷薇水晶偷袭成功后，一切都接近尾声。黑色羽毛漫天飞舞，真红不再犹豫，她以压倒性力量打败了蔷薇水晶。正当要结束一切的时候，纯出现了。他的一句话叫醒了真红“因为你们是姐妹啊！”真红心里并不想通过这种方式成为爱丽丝她希望能与纯一起回家过着平凡的日子。但蔷薇水晶却再次偷袭成功，真红也被打败了，6个蔷薇圣母都进入了蔷薇水晶的体内。这时，戏剧性的事情便发生了。蔷薇水晶由于不是真身而无法沉受蔷薇圣母而倒致自毁，罗真出现，将除了苍星石与雏莓以外的4个蔷薇少女复原，并告诉真红：“成为爱丽丝并不是只有爱丽丝游戏这一种方法。”
    最后一集结束时真正的第7人偶雪华绮晶出现。
    对于特别篇（《蔷薇少女~序曲~》RodenMaiden~ouberture~），舞台是19世纪的欧洲，主角是大人气的主席——水银灯，故事是原本温柔善良的水银灯谜一般的惊人转变，这个“序曲”型的特别篇，将为大家披露TV故事时间线之前发生的“秘闻”，通过对这段往事的“回顾”，相信会对水银灯和真红之间感情发展的来龙去脉有所了解。
    《蔷薇少女~序曲~》RodenMaiden~ouberture~，分为两话。前篇《悠久》，主要讲述水银灯的身世和真红当时的情况，在故事的结尾水银灯与真红第一次碰面；后篇《虚饰》则讲述了当时水银灯与真红之间的友情，包括真红对水银灯的帮助和水银灯对真红的感激，但后来水银灯无意得知了爱丽丝游戏，于是她进入了真红与苍星石战斗的n之领域，来阻止苍星石对真红的伤害，但水银灯被苍星石攻击，掉入潜意识之海。在这一话的结尾，水银灯得到了蔷薇圣母，希望被真红所认同，但真红无意说出认为水银是个可怜的人偶，水银灯一气捏碎真红的胸章，导致两人反目，成为敌人。