民国26年（1937）12月初，侵华日军抵达南京城下后，日军指挥官松井石根根据日军的历史经验与现实情况，为鼓舞士气以及防止性病在日军中发生与流行，命令日“华中方面军”参谋长冢田攻实施“慰安妇”制度。12月11日，日“华中方面军”司令部下达《方面军关于慰安设施的实施意见》，一方面致电日本国内，要求尽快征集日本慰安妇运往中国；一方面拨出巨款邀请日侨“方便屋”老板出面，举办“民间慰安所”；同时密令所辖各部先自行设立临时慰安所。12月13日侵华日军占领南京后至民国34年（1945）8月日军投降期间，日军在南京城内和郊区设立40家慰安所，南京成为日本当局慰安所与慰安妇数量最多的大城市。
    侵华日军在南京建立的慰安所大致可分3种类型：一是日军自行设立的临时慰安所。攻占南京初期，从后方征调的日、韩籍慰安妇一时不能运抵南京，军部遂密令各部先自行设立临时慰安所，各部就公开劫掠中国妇女。二是通过**地痞流氓，招募、胁迫、诱骗中国妇女设立的慰安所，进行商业性的经营。有案可查的有“日华亲善馆”、“**慰安所”（位于傅厚岗）、“大华楼慰安所”（亦称“大观楼慰安所”，位于白下路219号）、“满月慰安所”等。三是由日本军部自行开办，或委托日侨娼业主开办。征召原在日本、上海及“满洲国”的日本娼业主来到南京，强占居民住房或政府公房，改作慰安所，挂牌营业，专门接待日军官兵。这类慰安所享有种种特权，生意兴隆，经营规模日益扩大，逐步成为南京最主要的慰安所，南京人称其为“日本窑子”、“高丽窑子”。
    侵华日军在南京建立的40家慰安所主要集中在城南、城北、城中、城外4个地区。
    城南从夫子庙到大行宫一带，这是南京最繁华的商业区，又是日本侨民聚集的“日人街”所在地，并靠近兵营与军事机关，因而慰安所最多而集中。规模较大的有：
    安乐酒店慰安所位于太平南路（原江苏饭店所在地），强占酒店、由日军军部主办，公开名称是“日军军官俱乐部”，有日本、朝鲜与中国的慰安妇应招前来伴舞与住宿，实际上是一家由日本军方直接开办的高级慰安所，直到日本投降仍在公开营业。当时担任国民政府南京警备司令官的邱维达将军记载道，“日军成立慰安所是公开的，如坐落在太平南路的安乐酒店，就是日军的一个高级慰安所”。
    松下富贵楼慰安所位于常府街细柳巷福安里5号。原是一李姓人家住房，共40多间。日军占领南京后，日军宪兵队便在此建立慰安所。门前竖起牌子，上书“松下富贵楼”5个大字，日籍老板名叫松下。慰安妇多是日本与中国妇女。门前常停有日军军车十几辆，松下夫妇站在门口迎接。
    青南楼慰安所又名菊水楼慰安所，位于大行宫以南，太平南路文昌巷19号白菜园大院。8幢规格一样的二层别墅洋房，以及另外几幢二层、三层楼洋房，四周有围墙与铁丝网，大铁门两边的门柱上写着“菊水楼”3个字。慰安妇多为菲律宾籍、韩国籍与中国籍，这是南京规模最大的慰安所。来这里“游乐”的都是日军将、佐级军官。曾住在科巷的潘纪文老人作证说：“东白菜园与西白菜园的洋房内有日军慰安所。”
    东云慰安所位于利济巷2号，隔条马路就是著名的中央饭店。一座二层洋房，原是有钱人杨普庆在战前建造的高级住宅区“普庆新村”的一部分。日军将其改造成慰安所，交给名叫千田的日侨娼业主经营。一楼有14间小房间，二楼有16间小房间；在每个房间的门上都钉有一块圆形的号码牌；在每个房间里都建有一块凹进去的床位，放置“榻榻米”。在二楼还有一间狭小的阁楼，是关押、吊打不听管教的慰安妇的地方。南京居民称之为“高丽窑子”，慰安妇多是年轻的韩国妇女。据世代居住在利济巷14号的杨秀英老人在2003年1月（95岁）接受专家们采访时说，她家在民国27年（1938）春夏之交在这里开德胜祥烟酒杂货店。高丽窑子就在她家房子的后面，老板千田常到她家购买烟酒。她认识许多韩国慰安妇，看到每天晚上都有许多穿军装、挎军刀的日军官兵来此，周末来的更多。
    故乡楼慰安所位于利济巷18号。有二层楼洋房8幢，里面都是日籍慰安妇，中国居民称为“日本窑子”。当时居住在利济巷、以卖米为生的张万宣在接受调查时说：“利济巷18号是日本窑子，是日本人开的。来此的嫖客是日本军人，买票入内。妓女都是日本人，穿日本衣服。”杨秀英老人的儿子张传铭作证说：“日本投降时我十多岁，知道一些事。离我家不远有一个垃圾箱，里面丢了很多避孕套。当时中国人不知道用这些东西的。”
    吾妻楼慰安所位于科巷南寿星桥口，是为侵华日军普通士兵设立的、级别较低的慰安所，里面都是中国妓女（家住附近的沈玲老人在2003年1月陪经盛鸿教授前往实地调查，她指着“吾妻楼”旧址说，当时慰安所大门上方，高悬大幅招贴，上书“扬州姑娘”4个大字，以做广告宣传。）
    城北部下关一带，这是南京交通枢纽与商业集中区，驻防日军较多。慰安所有：
    华月楼慰安所位于商埠街惠安巷13号，为3层楼房，据当时居住在惠安巷16号开裁缝店、经常为慰安妇们缝补衣服的樊桂英老人说：“每天来的日本人很多，白天、晚上都有，全部是日本军人。在慰安所进门的地方有一个客厅，四周挂满慰安妇的照片。慰安妇不叫名字，都称呼多少号，记得是从1号到25号。也就是说，这里有20多个慰安妇，绝大多数是中国姑娘，以扬州人最多。经营者是一对日本夫妇，会讲中国话。”被发现的该所的管理条文规定，慰安妇每5日必须接受宪兵分队医官的身体检查；慰安所对士兵开放时间为上午10时至下午6时，价格为1元，1次30分钟，每延长30分钟追加50钱；对军官开放时间为上午10时至晚上9时，价格为3元，1次1小时，每延长1小时追加2元。
    铁路桥慰安所位于下关石梁柱大街85号，是一座约有30余间房间的平房。当年在这附近一家三明旅馆做接待工作的刘聚才老人作证说：“在三明旅馆隔马路的斜对面，有一家日军慰安所。进门有一个柜台，一个日本男人坐在那里，我们经常能看到30多个妇女出来散步。冬天有太阳时，他们都坐到门口晒太阳取暖。大都穿着日本服装，也有少部分人穿中国衣服。中国人不能进去，只对日本军人开放，而且以军官为主。”
    此外还有日华会馆慰安所、圣安里A所慰安所（日本慰安妇）、圣安里B所慰安所（中国慰安妇）、东升楼慰安所、煤炭巷慰安所等。
    城中部地区，属学校集中的文教区与官府集中的行政区，慰安所相对较少，主要有：
    鼓楼饭店中部慰安所位于城中心黄泥岗的鼓楼饭店。据黄泥岗44号老住户刘毅证实说：“我家对面有个二层楼的慰安所，叫‘鼓楼饭店’，里面都是日本女人。日本大军官来时，有人站岗；小军官来时，没有人站岗，一般晚上来的日本军人多。”
    傅厚岗慰安所位于城中心鼓楼之北。据82岁的老人刘万发证实说：“我家原住傅厚岗10号之一，现改为高云岭16-1号。我家对面是廖家，是二层楼样房，也有院子，是日本人开的妓院。”
    此外还有珠江饭店慰安所，位于珠江路；满月慰安所，位于相府营；菊花水馆慰安所，位于湖北路楼子巷25号；共乐馆慰安所，位于城东桃源鸿3号；**慰安所，位于铁管巷（现四环路）瑞福里；上军南部慰安所，位于铁管巷（现四环路）四达里。
    城外郊区与浦口、江浦一带是津浦铁路的终点站与日军“第二碇泊场”及“三井码头”、浦口战俘营所在地，集中大量日军。主要有：
    昭和楼慰安所位于浦口大马路7号，创办人久山卜，日本广岛县人。
    日支馆料理店兼慰安所位于浦口大马路3号，创办人沟边几郎，朝鲜人。
    一二三楼慰安所位于浦口大马路10号，创办人济道。
    江浦慰安所日军在江浦县城及其辖下的汤泉镇等地建有多处据点，都设有慰安所，但较简陋，慰安妇人数也只有数人。
    慰安妇制度，是人类文明史上罕见的野蛮暴行。它长期地、公开地、有计划有组织地胁迫各国妇女充当日军的性奴隶与性工具。
    沦为慰安妇的中国妇女们的苦难最为深重。她们遭到日军野兽般的蹂躏摧残，根本不被当作人，而只是发泄性欲的工具。据调查，每名慰安妇，一般平均每天接待29名日军官兵，多者接待100人。日军方对不同国籍的慰安妇要求不一样：“日本慰安妇平均慰安军人是一比十，韩国慰安妇平均慰安下级军官是一比四十，中国慰安妇平均慰安底层官兵是一比八十九。”日本学者则称慰安所是“色性的地狱”。慰安妇在这里饭吃不上，觉睡不好。有的只能在日军的腹下吃点饭团子；有的躺下去，就再也未能爬起来；有的被虐杀而死；有的不堪蹂躏自杀身亡。活着的，苟延残喘，没了灵魂，形同僵尸。若患有各种疾病或精神失常，则被赶到荒野等死。对于稍有不从或反抗的妇女，日军轻则施以饥饿，重则用军刀割其乳房，剁其手足，甚至让狼狗将她们一片片撕烂示众，借此威胁其他慰安妇。民国28年（1939）8月，朝鲜姑娘朴永心才17岁时，被日方当局以招“女看护”为名骗到南京，送进利济巷2号“东云慰安所”。开始她不从，被关进阁楼，饥饿、吊打，最后被迫沦为慰安妇，受尽折磨。3年后她又被送往滇西日军中，直到民国33年（1944）9月才被中国军队解放，当时已怀孕几个月，在逃生路上流血不止，生命垂危，被送往中国军队医院抢救，取出死胎，后又被送回朝鲜，割掉子宫。