多年以前，剑侠李逍遥为救出被困于蜀山锁妖塔的妻子，闯入了塔内，毁去了七星磐龙柱，以致锁妖塔坍塌，神魔之井动荡，六界水脉紊乱，魔界日益干旱。魔族属国夜叉君王龙溟与摄政王魔翳商议，由龙溟依靠越行之术来到人界寻找修复水脉的神器，同时魔翳着手准备攻占人界。然而人魔两界动荡也引发了一场地动，魔翳借此时机，用缚魂玉寻找刚刚死去的人类作为宿体，寻隙为进攻人界创造时机。
    后来李逍遥以“一贫”的身份做了蜀山掌门，经历了千叶之乱。平乱期间久负盛名的武林世家“南林北沈”实力削弱，逐渐淡出江湖。以“欧阳、夏侯、皇甫、上官”为首的四大世家逐渐成为武林的象征。魔翳选择的宿体，正是夏侯家的二门主夏侯韬。此后多年，他在魔界操控夏侯韬暗中布局，同时也亲手把夏侯家少主夏侯瑾轩带大，教养成人。受二叔影响，瑾轩自幼饱阅典籍，心思缜密。
    这次地动改变了许多人的命运，也使得夏侯瑾轩渐渐陷入了与他们的牵绊，就从十六年后，他在明州城偶遇谢沧行，以及无名女子瑕开始。
    瑕本是地动时死去的女婴，由于魔翳的缚魂术而使魂魄勉强留在了身体里，并长大成人。父亲去世后只能舞剑卖艺，这一日偶遇谢沧行与夏侯瑾轩，并意外弄坏了瑾轩的玉佩。正赶上折剑山庄品剑大会召开在即，瑕与谢沧行约定，和前来下贴的折剑山庄欧阳家弟子姜承共同保护瑾轩去参会，作为补偿。
    姜承本是魔族，蚩尤后裔，幼时为欧阳英救下收为弟子。因魔族体质特异，修为进展快，且性格仔细，为欧阳英所欣赏，并与欧阳英之女欧阳倩相恋，也因此为同门所不喜。这一次他来夏侯府，与瑕同时出现在魔翳控制的夏侯韬面前，体内的蚩尤血脉竟开始觉醒。夏侯韬惊喜，决定利用他们来实现自己的阴谋。他重金收买了江湖女暮菖兰，让她借故跟随瑕与姜承，为自己通报消息。此时的暮菖兰为了拯救家乡的村民，为赚钱不择手段，自然为夏侯韬所用。于是，在壁溪村，暮菖兰加入了瑾轩一行。
    途经千峰岭，众人为山贼包围，魔族出身的头领厉岩发现了姜承的魔族气息后，不仅放过了众人，还与姜承约定，若有朝一日为人所不容可来此避难。到折剑山庄，听闻有村民在山庄附近雪石路失踪，瑾轩众人与皇甫世家少主皇甫卓一起来到雪石路，却为妖物雪女所困，危急时分谢沧行暗中出手除去了雪女，救出了大家。原来谢沧行乃蜀山罡斩长老，生性爱武，不愿在山上长住，隐藏了身份混迹江湖，以非凡的剑术行侠仗义。这一次暗中关注姜承，也是因为意外发现了他的魔气，却也为他的重情重义的性格所折服，时时暗中回护。因此他也陷入了与暮菖兰等人的牵绊之中，或许一生的命运也由此注定……而在与雪女对峙的时间里，瑾轩曾为雪女幻术所困，开始对瑕产生了异样的感觉。
    不久四大世家代表齐聚山庄。品剑大会上，姜承同门向姜承发难。姜承的魔气再次被激发，并意外打伤了师兄。欧阳英无奈之下把姜承赶出了山庄。夏侯韬抓住时机，暗示瑾轩带姜承离开中原，前往西域楼兰古城，同时又以“枯木”的身份出现在姜承面前，告知他实为魔族，开始策划利用姜承率魔族与人界对立，以便夜叉乘虚而入。
    于是瑾轩等向楼兰出发，皇甫一鸣为收集姜承身为魔族的证据，令皇甫卓跟随同往。尴尬的是，谢沧行被遗忘在山庄内。在风景秀美的司云崖，众人发现了云来石，并依靠它飞行来到楼兰，在那里巧遇龙溟与蜀山凌波道长。一同进入楼兰城，却惊闻城内已被死去的楼兰王鬼魂布下结界，要将城民困死在内。深夜，众人进入楼兰废城区，见到了楼兰王的鬼魂，战斗中瑾轩为保护瑕而受伤。龙溟对楼兰王君高于民的理论深恶痛绝，出手将它杀死。
    之前，楼兰城内断水，上古神龙穹武不忍城民遭难，枉顾天条，私自下雨，使得楼兰居民得以生存。龙溟正是听闻这个消息，来楼兰寻找水源的。寻找未果，与凌波提前离开楼兰。后穹武被贬下界，多年后遇姜承之子姜云凡，委身雷灵珠内随他游遍天下（与《仙剑奇侠传五》相关）。而瑕在照顾瑾轩的过程中也暗生情意，把雪女修炼用的灵石送给了他。
    与此同时，枯木暗中下手杀掉了重伤的师兄以嫁祸姜承。皇甫一鸣借题发挥，煽动夏侯、上官两家与欧阳英为难。看似平静的水面，实则波涛暗伏，江湖动荡，一触即发……
    回到开封，姜承遭到皇甫一鸣的伏击，独自逃到千峰岭，投了厉岩。瑾轩等在千峰岭山寨门前遇苗女结萝，因误会而交手。瑕中了结萝的眠蛊后反应异常，使瑾轩与暮菖兰心疑。暮菖兰看出结萝与厉岩关系暧昧，遂与结萝约定，请出厉岩与姜承同行，一起到苗疆拜求蛊婆为瑕“治病”。
    这一消息被暮菖兰发送给“枯木”后，真是正中下怀。让龙溟从结萝那里探问水灵珠的消息，与安排姜承远离中原以便他挑唆皇甫一鸣去千峰岭捕捉厉岩的手下，顺理成章，一举两得。
    蛊婆并没有找到瑕的病因，但由于苗疆有巫姑复活林月如的先例（《仙剑一》相关），她还是指点了瑕与瑾轩、暮菖兰一起去蜀山寻找草谷道长寻求解救之法。
    开始，草谷并没有找到瑕的真正病因。此时偏偏赶上龙溟来蜀山盗神农鼎。凌波在蜀山，由于早已对龙溟生情，他选择帮助龙溟。在她的设计下，瑾轩等人与龙溟一起被困于璇光幻境。在取神农鼎时，龙溟、凌波二人被守护神器的“三皇一体”机关击伤，之后以越行术逃至流光洞。凌波伤重，龙溟决意去苗疆取水灵珠，两人约定事成后流光洞相见，当然，这一次，终是成为二人最后的诀别……
    瑾轩三人为将功折罪，答应去苗疆寻找神龙鼎，在神降秘境，众人发现了龙溟的尸身。不久前，龙溟在取水灵珠的时候遇骨蛇攻击。三神之力击伤在前，加之骨蛇毒火，终于支撑不住。临终前将夜叉后事托付给魔翳，手持凌波的珠花，带着遗憾离去，只留下流光洞中凌波绝望的眼神。多年后，龙溟之弟龙幽来到密境，将龙溟遗物带回流光洞，也算弥补了这一对有情人的遗憾（与《仙剑奇侠传五》相关）。
    此时姜承也从枯木处获知皇甫一鸣率众前往千峰岭剿杀魔众的消息，急忙赶回寨中，但见一片惨象……为救幸存魔众，瑾轩、姜承、厉岩等人找到折剑山庄与四大世家对质。欧阳英为皇甫、上官两家施压，下令擒杀姜承。姜承绝望，更名姜世离，决意正视自己魔族身份而与四大世家为敌。在欧阳倩协助下，众人逃离山庄。依照枯木的暗示，来到蚩尤冢，在那里，姜世离的蚩尤之力觉醒，被魔众奉为了魔君，创立“净天教”。他已下定决心，要带领魔众争取属于他们的一片天地。
    瑾轩等无奈回蜀山，找到谢沧行。想起雾荫谷深处的家乡，暮菖兰希望把蜀山的驱魔丹药带回为村民治病。来到暮霭村，死气沉沉的气氛，暮菖兰把丹药交给哥哥暮檀桓，却遭到哥哥痛骂，并要赶众人出村。激愤之间，听闻丹药被山神之子带走，急追至村外，暮菖兰出手重伤了已是精力枯竭的山神。暮檀桓无奈，与奄奄一息的山神告知了雾荫谷中的一切真相。十六年前的地动，不仅毁灭了全村，还在人鬼两界间撕开了裂痕。进入人界的鬼气使将死的村民魂魄强留体内，成为半人半鬼的异类。多年来，是山神一直帮忙撑开裂痕，使村中鬼气不断，村民不至于因鬼气消散而死去。暮菖兰绝望，得到了谢沧行的安慰，决意继续去寻找方法，让村民真正复活。
    此刻，暮菖兰终于说出了自己跟随瑕与姜承，实为受枯木指示。众人原谅了她，同时瑕也清楚了自己真正的“病因”。回到蜀山，草谷提示几人出海寻找固魂之物来使暮霭村村民与瑕彻底复活。回到明州，瑾轩向夏侯韬讲了黑衣人（枯木）阴谋操控之事，任瑾轩分析能力有多强，他又怎能想到，所谓黑衣人，正是眼前教养自己二十年的叔父！这一次打草惊蛇，更是让枯木抓住了对自己极为有利的时机。
    瑾轩坚决的态度打动了父亲夏侯彰。出海前，瑾轩终于对瑕表明了爱意。而这一去，竟是五年光阴。五年之间，江湖又发生了太多……
    姜世离潜回折剑山庄，带走了欧阳倩。不久欧阳倩怀了胎儿，取名姜云凡。
    唐风与枯木加入了净天教，与血手（厉岩）、毒影（结萝）一起成为净天教四大护法。枯木提议净天教攻打锁妖塔，姜世离受蛊惑而心动。净天教行事渐渐背离了初衷。四大世家与净天教的激战，一触即发。
    然而蜀山，却一直没有表明立场。
    五年后，瑾轩、谢沧行等人自海外归来，正赶上净天教佯攻四大世家。毒影为报私怨杀了皇甫一鸣。而姜世离则率血手、枯木亲自进攻锁妖塔。一贫、太武正施法镇压封印异动，无法**，谢沧行终以罡斩道长的的身份亲自去守锁妖塔。神魔之井入口处，封印即将被打破，罡斩自行兵解，以魂魄之力巩固了封印，同时重创枯木，击伤了远在夜叉的魔翳本体。暮菖兰悲痛欲绝，持罡斩断刃誓杀姜世离。原来，不知不觉间，她对谢沧行似已产生异样的感情。姜世离无奈，返回覆天顶。
    覆天顶上，唐风发觉了枯木的阴谋而暗中出手，“杀死”枯木。受尽蛊惑的姜世离竟然将唐风关于地牢。唐妻身亡，幼女唐雨柔也奄奄一息。
    战乱中，蜀山上发现了夏侯韬的衣衫。夏侯彰愤怒，率众杀上了覆天顶，惊遇夏侯韬，夏侯韬出手杀死了夏侯彰。瑾轩与瑕、暮菖兰赶到，此刻瑾轩方知，教养自己二十年的二叔，竟然就是枯木——真正的幕后黑手！
    瑕在这场战斗中死去了，是为救瑾轩而死的。
    按照瑕生前的愿望，瑾轩与暮菖兰带着她来到了司云崖。然而魔翳的魂附上了瑕的尸身，重伤了暮菖兰。
    瑾轩独自一人，与心爱的女孩决斗。由于与瑾轩的牵绊，瑕的灵魂苏醒，魔翳渐渐无法操控她的身体。瑾轩手持瑕的短剑刺向了她，而后牵着她的手，和她一起跃下了深崖……
    后来，一贫辞去蜀山掌门之位，由太武接任。太武、一贫、草谷等“七圣”出手，将姜世离封印在女娲血玉中。草谷又找到唐风父女，用血玉碎片为唐雨柔续命二十年。皇甫卓继承父业，与欧阳英结为忘年之交。然而自此以后，江湖虽有四大世家之名，却少见夏侯家踪影……
    魔翳本体被罡斩击伤，百年内不能施用缚魂术，只好与龙溟之弟龙幽商议，让他修行越行术，到人界来完成兄长未竟之事，为夜叉寻找未来。江湖的风波，并没有真正终结。
    而这场战乱后，每年的这一天，司云崖上都会出现暮菖兰的身影。她始终记着谢沧行说过的话，一直在等待，坚定而又执著。直到有一天，在她的身后，传来了熟悉的脚步声……