汉光武帝建武二十三年（丁未，公元47年）
    起初，匈奴单于舆的弟弟右谷蠡王知牙师依照顺序当为左贤王，而左贤王及王储，依照顺序当为单于。但单于舆打算将其位传给自己的儿子，于是杀死了知牙师。舆的前任、乌珠留单于的儿子名叫比，为右獒鞬日逐王，统领南边八大部落。比见知牙师被诛，口出怨言道：“若以兄弟次序来说，右谷蠡王应当继位；若论传子，则我是前单于长子，我应当继位！”于是心怀猜忌恐惧，很少去单于王庭朝会。单于怀疑他，就派两名骨都侯去监督统领比部下的兵马，及至单于蒲奴继位，比愈发怨恨。他秘密派遣汉人郭衡诣见西河太守，献上匈奴地图，请求归附。两名骨都侯对比的意图颇有觉察，适逢五月龙城祭祀，他们便劝单于杀比。比的弟弟渐将王在单于帐中，闻知此讯，便跑去告诉比。于是比召集八部兵马四五万人，等待两骨都侯归来，要杀死他们。两骨都侯在将要到达时，发觉了比的计划，便逃走了。单于派出万名骑兵去攻打比，因见到比的军容强大，未敢进兵就撤回了。
    二十四年（戊申，公元48年）
    秋季，七月，武陵蛮人攻打临沅。东汉朝廷派谒者李嵩、中山太守马成讨伐，未能取胜。马援请求出征，光武帝怜他年迈，不肯应允。马援说：“我还能够身穿盔甲，上马驰骋。”光武帝命他一试身手。马援跨在鞍上，转身回视，以示仍可征战。光武帝笑道：“好一位精神矍铄的老翁啊！”于是派马援带领中郎将马武、耿舒等率四万余众进军五溪。马援对友人杜愔说：“我受皇恩深重，但年事已高，去日无多，总是担心不能为国而死。今日得遂所愿，我心甘情愿，死也瞑目。只是顾虑那些权贵子弟，他们或者近在左右，或者随从办事，很难调动，我惟独有此心病！”
    二十五年（己酉，公元49年）
    马援的军队到达临乡，攻破蛮兵，斩杀、俘获二千余人。
    起初，马援曾经患病，虎贲中郎将梁松前往探望。梁松独自在床下拜见，而马援没有还礼。梁松走后，马援的儿子们问道：“梁伯孙是皇上的女婿，朝廷显贵，公卿以下的官员没有不惧怕他的，为何惟独您对他不礼敬？”马援答道：“我是他父亲的朋友，他身份虽贵，可怎能不讲辈分呢？”
    马援的侄子马严、马敦都爱发议论，结交游侠。马援先前在交趾时，曾写信回家告诫他们：“我希望你们在听到他人过失的时候，就像听到自己父母的名字一样，耳可以听，而口却不能讲。好议论他人是非，随意褒贬时政和法令，这是我最厌恶的事情。我宁可死，也不愿听到子孙有此类行径。龙伯高为人宽厚谨慎，言谈合乎礼法，谦恭而俭朴，廉政而威严，我对他既敬爱，又尊重，希望你们效法他。杜季良为人豪侠仗义，将别人的忧虑当作自己的忧虑，将别人的快乐当作自己的快乐。他父亲去世开吊，几郡的客人全来了。我对他又敬爱又尊重，却不希望你们效法他。效法龙伯高不成，还可以做谦恭之士，正如人们所说的‘可鸿鹄不成还像鸭’；若是效法杜季良不成，就会堕落成天下的轻浮子弟，正如人们所说的‘画虎不成反似狗’了。”龙伯高，即山都县长龙述；杜季良，即越骑司马杜保，两人都是京兆人。适逢杜保的仇人上书，指控杜保：“行为浮躁，蛊惑人心，伏波将军马援从万里之外写信回家告诫侄儿不要与他来往，而梁松、窦固却同他结交，对他的轻薄伪作行为煽风点火，败坏扰乱国家。”奏书呈上，光武帝召梁松、窦固责问，出示指控的奏书和马援告诫侄儿的书信。梁松、窦固叩头流血，才未获罪。诏命免去杜保官职，将龙述擢升为零陵太守。梁松由此憎恨马援。
    到后来，马援征讨武陵蛮人，大军到达下隽。有两条道路可入蛮界：一从壶头，这条路近而水势深险；一从充县，这条路是坦途，但运输线太长。耿舒主张走充县，马援却认为那样会消耗时日和军粮，不如进军壶头，扼住蛮人咽喉，则充县之敌将不攻自破。两种意见上报朝廷，光武帝批准了马援的战略。于是汉军进兵壶头。蛮贼登高，把守险要，水流湍急，汉军舰船不能上行。适逢酷暑，很多士兵患瘟疫而死，马援也被传染，于是在河岸凿窟栖身以避暑热。每当蛮贼爬到高处擂鼓呐喊，马援便蹒跚跛行着察看敌情，左右随从无不为他的壮志所感而哀痛流泪。耿舒在给他哥哥好畤侯耿弇的信中写道：“当初我曾上书建议先打充县，尽管粮草运输困难，但兵马前进无阻，大军数万，人人奋勇争先。而如今竟在壶头滞留，官兵忧愁抑郁，行将病死，实在令人痛惜！前在临乡，敌兵无故自来，如果乘夜出击，就可以将他们全歼。但马援就像各做生意的西域商人，所到之外，处处停留，这就是失利的原因。现在果然遇到了瘟疫，完全同我预言的一样。“耿弇受到信后上奏朝廷，于是光武帝派梁松乘驿车前去责问马援，并就此代理监军事务。
    正当此时，马援去世，梁松乘机陷害马援。光武帝大怒，下令收回马援的新息侯印信。当初，马援在交趾时经常服食薏苡仁，因为此物可使身体轻健，抵御瘴气。班师时，曾载回了一车。等到马援死后，却有人上书诬告他当初用车载的全是上好的珍珠和犀角。于是光武帝益发愤怒。
    马援的妻子儿女又慌又怕，不敢将马援的棺柩运回祖坟，便草草葬在城西。他门下的宾客旧友，没有人敢来祭吊。马严和马援的妻子把自己用草绳捆绑起来，连在一起，到皇宫门口请罪。于是光武帝拿出梁松的奏书给他们看，他们方才得知马援的罪名，便上书鸣冤，前后共六次，情辞十分哀伤悲切。
    前任云阳县令，扶风人朱勃前往皇宫门阙上书说：“我看见已故的伏波将军马援，从凉州崛起，钦敬仰慕皇上圣明仁义，历经艰险，万死一生，在陇、冀两地征战。他的智谋如泉水一样喷涌不绝，行动如转动圆规一样灵活迅速。他用兵战无不胜，出师攻无不克。剿伐先零时，飞箭曾射穿他的小腿；出征交趾时，以为此行必死，曾与妻儿诀别。过了不久又再度南征，很快攻陷临乡，大军已经建立功业，但未完成马援先死。军官士兵虽然遭受瘟疫，而马援也没有独自生还。战争有以持久而取胜的，也有因速战而败亡的；深入敌境未必就正确，不深入也未必为不对。论人之常情，难道有乐意久驻危险之地不生还的吗？马援得以为朝廷效力二十二年，在北方出塞到大漠，在南方渡江漂海。他触冒瘟疫，死在军中，名声被毁，失去爵位，封国失传。天下不知他所犯的过错，百姓不知对他的指控。他的家属紧闭门户，遗体不能归葬祖坟。对马援的怨恨和嫌隙一时并起，马氏家族震恐战栗。已死的人，不能自己剖白；活着的人，不能为他分辩，我为此感到痛心！圣明的君王重于奖赏，轻于刑罚。高祖曾经交给陈平四万斤金用以离间楚军，并不问账目与用途，又岂能疑心那些钱谷的开销呢？请将马援一案交付公卿议论，评判他的功罪，决定是否恢复爵位，以满足天下人的愿望。”光武帝之怒稍有消解。
    起初，朱勃十二岁时就能背诵《诗经》、《书经》，经常拜望马援之兄马况，言辞温文尔雅。当时马援才开始读书，看到朱勃，他自况不如，若有所失。马况觉出了马援的心情，就亲自斟酒安慰他说：“朱勃是小器，早成，聪明才智仅此而已，他最终将从学于你，不要怕他。”朱勃还不到二十岁，右扶风便试用他代理渭城县宰。而等到马援做了将军并封侯的时候，朱勃的官位还不过是各县令。马援后来虽然身居显贵，仍然常常以旧恩照顾朱勃，但又卑视和怠慢他，而朱勃本人的态度却愈发亲近。及至马援受到诬陷，惟有朱勃能够最终保持忠诚不渝。
    谒者、南阳人宗均任马援大军的监军。马援去世后，官兵因瘟疫而死的已超过半数，蛮军也饥困交迫。于是宗均同将领们商议道：“我们如今道路遥远，官兵染疾，不可以再作战了，我打算权且代表皇上发布命令招降敌人，怎么样？”将领们全部伏在地上不敢应声。宗均说：“忠臣远在境外，若有保护国家安全之策，可以专断专行。”于是假传诏旨，调伏波司马吕种代理沅陵县长，命他带着诏书进入敌营，宣告朝廷的恩德和信义，而自己率军尾随其后。蛮人十分震恐，冬季十月，他们一道杀死首领投降。于是宗均进入蛮贼大营，遣散兵众，命他们各回本郡，又委任了地方官吏，然后班师。蛮人之乱于是平定。宗均还没到京城，先自我弹劾假传诏旨之罪。光武帝嘉奖他的功绩，派人出迎，赏赐金帛，命他经过家乡时祭扫祖坟。
    二十七年（辛亥，公元51年）
    朗陵侯臧宫、扬虚侯马武上书说：“匈奴贪图利益，没有礼仪和信义，困难时向汉朝叩头，太平时便侵边掳掠。如今北匈奴遇到瘟疫、人马、牲畜病死，又遭旱灾、蝗灾，赤地千里，疲惫困顿不堪，实力抵不过汉朝的一个郡。万里之外的垂死性命，悬在陛下之手。福运不会到来，时机容易丧失，难道应当死守斯文道德而放弃武力吗？现在应当命令将领进驻边塞，悬以重赏，命高句骊、乌恒、鲜卑进攻北匈奴左翼，征发河西四郡、天水、陇西的羌人胡人进攻北匈奴右翼。如果这样，北匈奴的灭亡，不过数年之事。我们担心陛下仁慈恩厚，不忍开战，而参谋之臣又犹豫不决，使刻石铭记流传万代的功业不能在圣明的今世建立！”光武帝用诏书回报道：“《黄石公记》说：‘柔能克刚，弱能胜强。舍弃近远而经营远方，劳碌而无功效；舍弃远方而经营远处，轻松而有成果。所以说：一心扩充地盘就会筋疲力尽，一心推广恩德就会壮大强盛。拥有自己所有的人，得到安宁；贪图别人所有的人，变得凶恶。残暴的政令，即便一时成功，也终将失败。’如今国家没有为民造福的政策，灾祸变异不断，百姓惊慌不安，不能保全自己，难道还要再去经营遥远的塞外吗？孔子说：‘我恐怕季孙家的祸患不是外部之敌颛臾，而在内部。’况且北匈奴的实力仍然强盛，而我们屯兵边境，开垦田地，戒备敌侵，传闻的事，总是多有失实。果真能以一半国力消灭大敌，岂不是我最高的愿望！若是时机未到，不如让人民休息。”从此，将领们不敢再建议用兵。
    中元二年（丁巳，公元57年）
    二月戊戌（初五），光武帝在南宫前殿驾崩，享年六十二岁。光武帝生前，每日早晨主持朝会，午后才散，屡屡召见公卿、郎将讲说经书义理，到半夜才睡。皇太子见光武帝辛勤劳苦而不知疲倦，找机会劝谏道：“陛下有夏禹、商汤的圣明，却没有黄帝、老子涵养本性的福分。希望您爱惜身体而颐养精神，悠游岁月而自求宁静。”光武帝说：“我自己乐于作这些事，不为此感到劳累！”光武帝虽以武力建立帝业，但到了天下安定之后，却并不重用有功的武将，反而提拔文官。他清醒谨慎地制定国策，大权总揽，审时度势，量力而为，措施得当，所以能恢复前代的功业，在有生之年实现了天下太平。
    太尉赵熹主持治丧。当时经历了王莽之乱，旧的典章制度已不复存在。皇太子与诸亲王杂处，不分座次。封国的官员出入宫禁，与朝廷百官没有区别。赵熹神情严肃，在殿阶上手按剑柄，将诸亲王扶下大殿，以明尊卑之分。并上奏书，请求派谒者护送封国官员分别迁到外县，命诸亲王一一回到本封国设在京城的官邸，只准在上午和下午入宫哭悼。使礼仪分明，门禁森严，朝廷内外井然有序。
    夏季，四月丙辰（二十四日），明帝下诏：“朕如今在上没有先帝，在下没有重臣，就像涉越深渊而没有舟船浆揖。皇上的责任，至为重要，而年轻人的思虑，往往轻率，朕实在有赖于年高德劭的长辈辅佐。高密侯邓禹是功臣的首领，东平王刘苍宽厚渊博而有谋略。兹任命邓禹为太傅，刘苍为骠骑将军。”刘苍恳切地推辞这一任命，但明帝不许。明帝又下诏命令骠骑将军府设置长史、掾史等属官四十人，使骠骑将军的地位高于三公。刘苍曾向朝廷举荐西曹掾、齐国人吴良，明帝说：“为国举荐贤才，是宰相的职责。当初萧何推举了韩信，便设坛授官，不再考试。今任命吴良为议郎。”
    汉明帝永平三年（庚申，公元60年）
    二月甲子（十九日），将贵人马氏立为皇后，皇子刘炟立为太子。
    马皇后是马援的女儿，光武帝时被选入太子宫。她能够侍奉顺承阴皇后，和同辈友好相处，礼数周全，上下和睦，于是特别受到宠幸。及至明帝即位，便将她立为贵人。当初，她的异母姐姐的女儿贾氏也被选入太子宫，生下儿子刘炟。明帝因马氏没有儿子，便命她抱养刘炟，对她说：“人不一定非得亲自生儿子，就只怕爱心不够、养护不周。”于是马氏全心全意地抚育刘炟，操劳辛苦胜过亲母对待亲子。刘炟也天性孝顺，于是母慈子爱，两人始终亲密无间。马氏常因明帝子嗣不多，向明帝推荐左右的美女，惟恐做的不周全。每当后宫有人陪伴了明帝，她总是加以慰存和接见；若是有人被多次召幸，便给予崇厚的待遇。
    及至有关官员上书建议选立皇后，明帝还没有开口，阴太后便说：“马贵人在后宫中品德最佳，就选这个人吧。”马氏登上皇后之位以后，越发自谦庄重，爱好读书。她常穿粗丝之服，裙脚不加边缘。每月初一、十五，嫔妃和公主们入宫请安，远远看见皇后衣著简单粗糙，还以为是特制的丝绸，走近一看，才笑了起来。皇后道：“这种绸料特别适于染色，所以用它。”百官上书中有难以决定的事项，明帝曾多次用来试验皇后的才识。皇后便分析推理，一一得到了真实情况。然而她从不为家人私情干预政事。明帝因此对她既宠爱，又敬重，始终不衰。
    明帝怀念创立东汉中兴大业的功臣，于是在南宫云台画上二十八位将领的肖像。邓禹居第一位，以下是马成、吴汉、王梁、贾复、陈俊、耿弇、杜茂、寇恂、傅俊、岑彭、坚镡、冯异、王霸、朱祜、任光、祭遵、李忠、景丹、万脩、盖延、邳彤、铫期、刘植、耿纯、臧宫、马武、刘隆。又增补王常、李通、窦融、卓茂，共计三十二人。因为马援是马皇后之父，所以惟独他不在其内。