袁崇焕对北京的威胁使皇太极得到的巨大收获就是他的对手袁崇焕被崇祯皇帝清洗了。袁崇焕在辽西的顽强抵御曾使皇太极父子受阻，逼得皇太极绕过山海关的正是袁崇焕。但是这位大明忠臣竟在内外夹攻之下含冤而死。灾祸起于崇祯元年的平台召见。那时袁崇焕被升为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽兼督登莱天津军务，入都，崇祯于平台召见他，他对皇帝说，“计五年，全辽可复”。当时就有人认为他说了空话，要惹祸的。第二年，他又到皮岛亲自斩杀了毛文龙。时毛为辽东总兵，虽有迹象表明他与后金暗中媾和，但袁的行动毕竟有些冒失。在后金兵迅猛向北京进发时，袁崇焕、祖大寿的入援兵都没有狙击，到了广渠门外才重创后金兵。但此时满城都在传袁崇焕引敌协和，将为城下之盟。特别是后金兵攻北京城南时，袁崇焕拥兵不战，独满桂以五千人一日二十战。传说满桂身中五箭，拔出来，皆袁兵字号。崇祯和明朝统治集团中一些人对袁崇焕产生了怀疑。就在这时，皇太极巧施了一个反间计。他从进攻北京作战中捉了明朝两个太监，故意向二人泄露后金撤兵是与袁崇焕有密约。再把这两个太监放回去。他们到了北京，以重大军情奏报崇祯，性多猜疑的崇祯皇帝，认为不能再留着袁崇焕了。这就导致了十二月一日逮捕袁崇焕，祖大寿在旁见此情景，战栗失措，立刻逃回锦州。第二年八月，以酷刑处死袁崇焕。这是一桩历史冤案，袁崇焕对后金的斗争是坚决的，崇祯杀他是中了皇太极的反间计。从此明朝“边事益无人，明亡征决矣”。
    袁崇焕下狱，辽东兵溃，皇太极所率后金兵继续得以在京师附近攻掠。他们见北京不可下，便西趋良乡，克固安，然后返回，过北京近郊时得到消息，原来攻下的十余城皆叛。天聪四年正月皇太极亲自指挥后金兵攻下永平，迁安不战而降，滦州也降。二月皇太极率军北返，所得永平、迁安、滦州、遵化皆令贝勒大臣率满洲、蒙古八旗驻守。在这四个多月的入口作战中，皇太极对明朝地方官民发布了很多招降的“谕令”，并不断派遣使者要求与明朝政府议和。这里既表现出他对已夺取的土地不肯放弃，也对未得到的地方心向往之。
    但是大明国直到此时仍有相当势力，其内部也不乏有为之士。后金兵东归不久，明朝兵部尚书、大学士孙承宗就恢复了关内四城。后金派去的守城阿敏，不但弃城逃回，还在弃城之前尽屠城中归降的明朝官民。皇太极甚为愤懑，因数阿敏大罪，将其幽禁。这位二大贝勒至崇德五年(1640)死于幽所。孙承宗乘机加强防御，修大凌河城，兵部尚书梁廷栋主其事，七月兴工，未能完成，皇太极已经发起了有名的大凌河围城战。后金兵按八旗，分列四面八方，各旗还成立了炮兵营。从这年起，后金已能造红衣大将军炮了。城内明朝约有三万军民被围得水泄不通。城内的兵几次突围，均告失败，外来的援军也遭后金截击，退回锦州。此间明朝派监兵张春同总兵吴襄等率四万援军开来，结果张春被活捉，吴襄逃跑，全军被歼。从天聪五年八月初七日起，后金围困了两个月后，城中粮尽援绝，“炊骨析骸”，而皇太极不断发动政治攻势，到十月廿五日，守将祖大寿“力竭计穷”，投降了后金。拒不投降的副将何可纲被斩。原来的三万余人只剩下一万一千六百八十二人，马三十二匹。后金消灭了明在关外的精锐部队。后来，祖大寿借故奔回锦州，而张存仁等数十名明将归金，他们大部分成了这个国家的栋梁。皇太极及诸贝勒皆以得人为庆。
    天聪五年以后的五年，皇太极以主要精力为后金的统治建立了更巩固的基础。天聪六年八月廿九日下令八旗固山额真于所属各旗察问民间贫乏疾苦，认真审断罪犯。素以射猎为业的满族统治者这时也提出不准因射猎而私入庄屯，不准擅取柴薪，不准喧哗。天聪七年正月，皇太极告诫各牛录额真：“田畴庐舍，民生攸赖，劝农讲武，国之大经”，要他们关心农家的房屋建筑、耕牛饲养及差派徭役等。在耕种与征战发生矛盾时，宁可服从耕种。这就把安定的农耕生活提到了重要的地位。
    皇太极本人有很好的文化素养，这时他推行了振兴文教的措施。天聪三年首先提出“以武功戡乱，以文教佐太平”，一改其父努尔哈赤屠杀文人的政策，并于当年进行考试，选取了满、汉、蒙古生员二百人。他已认识到发展文教对治理国家的重要性，说不能认为不读书不会误事。规定从天聪六年起，凡贝勒大臣子弟年十五以下，八岁以上，俱令读书。努尔哈赤时代创造的满文无圈点，上下字雷同，人名地名极易弄错，皇太极命巴克什达海酌加圈点，大大方便了学习，这就是有圈点满文的来历。皇太极还非常重视吸收汉族的先进文化。至天聪六年七月达海逝世时，经他手已翻译成帙的汉籍有《刑部会典》、《素书》、《三略》、《万宝全书》，及正在翻译中的《资治通鉴》、《六韬》、《孟子》、《三国志》等。后来又命达海之子继续学习汉书。天聪九年后金的文馆诸臣翻译了辽金宋元四代史书。
    作为后金国家的统治者皇太极这时期的又一个成功是以“善养人”扩大了影响。天聪六年正月，管兵部贝勒岳讬向皇太极建议改变原来屠戮辽东及关内四城的做法，以对待大凌河之役归降的汉人为榜样，重新树立“善养人”的形象。他主张无论官民都给家室和庄屯，不要使一个人失其所在。天聪七年六月初二日，皇太极在一次讲话中谕令将士对新附之众，“一切勿得侵扰”。在皇太极这种政策影响下，明将孔有德、耿仲明、尚可喜等纷纷归降了后金。孔、耿皆辽东人，在明为登州参将，因内部矛盾，发动兵变，占领登州。明朝发兵来攻，他们难以自存，航海归金。天聪七年六月三日，皇太极率诸贝勒出迎至浑河，行抱见礼，以示优隆。这是后金发展史上的大奇迹，孔、耿不仅带了一万二千多精壮官兵及红夷大炮等，而且促使明朝的辽东海防很快崩溃了。之后不到四个月，明镇守广鹿岛的副将尚可喜就步了孔、耿后尘，皇太极称赞他“识时势之向背”，“残破海防，实为我功”。皇太极重新任命孔有德为都元帅，耿仲明、尚可喜都为总兵官，让他们继续带兵，与和硕贝勒并列。原来后金的军队是清一色的满洲八旗，天聪五年佟养性被命为总兵官，管理汉兵，攻大凌河时这支被称为旧汉兵的军队用红衣炮多所立功，到天聪七年马光远统领汉兵时，实际形成了一个汉军旗，满语叫乌真超哈。孔、耿、尚所领兵也是汉军。在此之前，蒙古旗兵也已形成。天聪八年三月十三日皇太极在沈阳城郊阅兵，参加的有满洲八旗、蒙古二旗、旧汉兵一旗，共十一旗。和以前有很大不同的是这时的军队已从私人武装变为国家的军队了。
    这几年利用军事力量进行扩张始终是皇太极的一项重要活动。天聪七年六月十九日，他派满汉兵万余人分左右翼攻旅顺，七月十四日奏捷，东北的南大门旅顺口要塞落到了后金手里，同时俘获大批人畜财物。天聪八年十二月，皇太极命副都统霸奇兰、参领萨木什哈领二千五百兵士征讨黑龙江未服之地。第二年故土传来佳音，他们收服了虎尔哈壮丁及老少男女共七千三百余人。同时期，吴巴海出征瓦尔喀也屡战屡胜。皇太极把他在东北的版图扩大到南自旅顺口，北抵乌苏里江以东并黑龙江中游地区。
    当然重要的仍然是对明作战，这不但关系到明朝自身的存亡，还旁及蒙古与朝鲜的态度。天聪七年六月，皇太极问诸贝勒大臣：“征明国及朝鲜、察哈尔三者，用兵何先？”发言者济尔哈朗等共十五人都主张先攻明朝。而实际上是先攻了察哈尔。在此前一年，皇太极亲自领兵征察哈尔，四月出发，追击林丹汗，过黄河，后金军粮尽，射黄羊充饥，无水，以一羊易杯水而饮，只得半途而返。天聪八年再次征察哈尔，始知林丹汗已病死于青海打草滩，众无所归。第二年派多尔衮、岳讬等往收其子额尔克孔果尔额哲及其部众。多尔衮意外地获得了元朝的传国玺。这一胜利标志着漠南蒙古全部归于后金统一。皇太极就在天聪八年、九年利用征服察哈尔之机，转攻了明朝，但主要在大同、宣府附近徘徊，还没有从根本上动摇明朝的统治。在皇太极一生的经历中，最大的转折是从后金汗到大清帝。他是第一位当大清皇帝的人，这是他个人权势的升华，也是他父亲努尔哈赤创建后金国以来的划时代的飞跃，同时也是满族社会进步的一个标志。
    皇太极即汗位以来就倾心于学习中国历代专制主义的封建统治，不断地加强集权。他废除了三大贝勒按月分直的制度，削弱了诸贝勒的特权，使汗任命的官吏发挥更大的作用。在所有的人都不能和他争衡的情况下，他登上了皇帝的宝座。时间是天聪十年(1636)四月。先是诸贝勒大臣以远人归服、国势日隆为理由，请求为皇太极上尊号，未允。后来萨哈廉让诸贝勒检讨过去，表示今后忠诚效力，皇太极答应可以考虑了。然后皇太极又以“早正尊号”征询汉官儒臣的意见，鲍承先、宁完我、范文程、罗绣锦等都表示赞成。萨哈廉又召集诸贝勒各书誓词，向皇太极效忠。“外藩”诸贝勒闻讯也请求上尊号，皇太极同意了。上尊号的准备活动至天聪十年三月末大体就绪。
    四月五日，满洲诸贝勒、固山额真，蒙古八固山额真，六部大臣，孔、耿、尚，外藩蒙古贝勒及满蒙汉文武官员齐集。多尔衮捧满字表、巴达礼捧蒙字表、孔有德捧汉字表各一道，率诸贝勒大臣文武各官赴宫门跪下，皇太极在内楼，御前侍卫传达，皇太极命满、蒙、汉三儒臣捧表入，诸贝勒大臣行三跪九叩头礼，左右列班候旨。三儒臣捧表至御前跪读，表中盛赞皇太极的文治武功，上合天意，下顺民情，请上尊号，一切仪物，俱已完备，只待赐允。皇太极听后同意，并发誓倍加乾惕，忧国勤政。消息由儒臣传出，众皆踊跃欢欣，叩头而出。第二天决定选择吉日四月十一日举行登极大典。届时正式祭告天地，受“宽温仁圣皇帝”尊号，建国号大清，实际是把后金改为大清，改元崇德，即天聪十年为崇德元年。祭告天地完毕，在坛前树鹄较射。从此中国历史上名副其实的清朝诞生了，就是这个封建王朝统治全中国二百六十八年，跨古代、近代两个历史时期。在此之前一年，皇太极下令国中之人皆称满洲原名，禁止称诸申，一个少为世人所知的满族因而扩大为举世闻名的中华民族重要成员了。
    崇德年间(1636—1643)是皇太极统治的第二个时期。他在原来的基础上巩固和扩大了在东北的统治，为入关统治全中国做了充分的准备。有一件事反映了他的思想，称帝前夕，内院诸臣仿照明朝制度，给新筑的城门起名，叫扬威、昭德等，皇太极认为虚张声势不如务实，给改了巩固、靖远等名。皇太极自认是个伟大的建筑师，他要为子孙创大业，所以非常重视打基础。崇德二年(1637)六月的一天，他向诸王臣说明，自他即位以来，统一蒙古，征服朝鲜，版图扩大，人民繁庶，今后就要“宣布法纪，修明典常，为保邦致治之计”。他举例说：“盖治国之道，如筑室然。基址坚固，庀材精良者，必不致速毁，世世子孙可以久居。其或苛且成工者，则不久圮坏，梓材作诰。古人所以谆谆垂诫也。”不出一个月，将同样的话又对诸王贝勒文武群臣重说了一遍。最后一语破的：“自古至今，懈于治国者，国必败；勤于治国者，国恒存。”
    为使国家统治久远，皇太极虽没有改变掠夺财富的手段，但却更注意发展本地区的生产了。他称帝后立刻把保护土地牲畜作为法典规定下来，地里庄稼不准偷损，母猪不许杀，这是为了繁殖。也不准杀马、牛等作牺牲或出卖。以后几乎每年都把督促耕种作为重要活动，提出“农时不可失”，“废农事者罪之”。他知道五谷乃万民之命所关，因此一再强调搞好农业生产，入关前清朝的粮食不太缺乏，与这种努力分不开。手工业生产也大有进步。崇德三年十二月，一次赏给察哈尔固伦公主瓷器一千七百件，可以反映制瓷业有所成就。盛京(今沈阳)宫殿大部分为皇太极时所建，其规模和工艺技术都标志后金手工业的水平很高。盛京城西实胜寺，铸大钟千斤，是冶铸业的发展象征。商业贸易在境内有之，与明及朝鲜也均有之。皇太极曾命令大学士希福带领八家商人及公以下牛录章京以上家人的庞大代表团赴张家口贸易。后来又命人到归化城(今呼和浩特市)买马。个人远走贸易的也不乏其例。
    崇德年间，虽然不再发生大批汉人被杀，或汉人投毒、拦路劫杀等反抗事件了，但皇太极却仍然注意缓和清朝的社会矛盾。他命令臣下做好“养人”的事情，尤其是对新掠取或来降的满洲、蒙古、汉人做好安置。皇太极晚年，他的子侄们在他面前发牢骚说太祖时诛戮汉人，而今汉人有为王者矣，有为昂邦章京者矣，而满洲宗室却有为官者，有为民者，“时势颠倒，一至于此！”但这位远见卓识的大清帝并未因此动摇其国策。
    以前皇太极的权威并不很绝对。天聪九年九月，即称帝前半年，代善和哈达公主曾有轻视他的举动，皇太极大怒，召集诸贝勒大臣，让他们“别举一强有力者为君”，靠了他们的跪请，才出朝听政。崇德年间就再无人敢向他的权威挑战了。
    在机构设置上也作了相应的改革和进一步完善。清初决策的重要机构是议政王大臣会议。崇德二年四月对这个机构作了调整：一、成员除令固山贝子尼堪、罗讬、博洛等与议国政外，每旗各设议政大臣三人；二、规定他们启迪主心，救济贫乏，抚养新人三项任务；三、议政大臣奏事必先通过他们各自的固山额真，公议之后上奏。议政王大臣会议从此有了固定的程式，也更成了专制主义皇权的工具了。天命、天聪年间没有监察机关，崇德年间皇太极成立了都察院，给他们稽察一切官员的大权。有清一代，满蒙的结合，早比满汉更紧密。为了处理蒙古事务曾设蒙古衙门，崇德三年六月又改为理藩院。合原有的六部、都察院，构成了有名的八衙门。皇太极任命满洲、蒙古、汉人担任承政，每部三人，以下皆参政。崇德三年七月更定八衙门官制，每衙门只设满洲承政一人，以下酌设左右参政、理事、副理事、主事等官，由二等变成五等。这就强化了以他为首的国家统治权力。
    清入关前没有内阁的名称。但是皇太极统治下的大清已初具内阁性质的内三院。天聪十年三月，皇太极改文馆为内国史院、内秘书院、内弘文院。从文馆到内三院，虽任职者均为大学士、学士，但分工更明确了，有的负责编考历史，有的起草敕谕及注释古今政事得失，还有的向皇帝进讲。崇德以后内三院的大学士、学士们对皇太极的决策有了更大的影响。
    皇太极的统治还继续利用了八旗这个军政合一的组织。他使八旗通过变革越发充满生机。一是对满洲八旗不断补充新的成员，二是完善和扩大蒙古八旗、汉军八旗。努尔哈赤时的满洲被称为“佛满洲”，即旧满洲。皇太极对黑龙江等地多次用兵，带来大批少数民族加入满洲共同体，被称为“伊彻满洲”，即新满洲。皇太极把新满洲编入八旗。崇德五年一次就把征索伦俘获的新满洲壮丁并家小五千六百七十三人编为牛录，隶于八旗了。同时把征库尔喀俘获的新满洲壮丁四十二人补充了各旗披甲的缺额。满洲八旗之外，蒙古八旗早于汉军八旗建立。崇德年间汉军八旗发展最快。崇德二年，照满洲例，汉军分为两旗，四年扩大为四旗，每旗设牛录章京十八人，固山额真一人，梅勒章京二人，甲喇章京四人，但内部仍分正黄镶黄两旗，正白镶白两旗，正红镶红两旗，正蓝镶蓝两旗。崇德七年六月正式完成了汉军八旗的建制。皇太极说：“我国出则为兵，入则为民，耕战二事，未尝偏废。”这种扩大满洲八旗和建立蒙古八旗与汉军八旗，既增强了清朝的武装力量，也对满蒙汉的广大人民实行了深一层的控制。尤其是为了夺取全中国统治权，皇太极创立的汉军八旗有重要意义。
    崇德以后的清朝不像以前那么脆弱，皇太极虽然继续要采取一些巩固其统治的措施，但是并不担心其被消灭，他的目的是以此为基础，实现对全中国的统治。崇德四年六月二十五日，皇太极下令把从前哈达、叶赫、乌拉、辉发和蒙古诸部所接受的明朝敕书全部收上来，在笃恭殿(今沈阳故宫大政殿)前烧掉。这表明从此他们都是清朝的臣民，再也不能对明朝存在幻想了。皇太极已认识到，这时的明朝到处是如火如荼的农民起义，不可能存在下去。崇德七年六月，他就说明之国运将亡。同年派兵进攻明朝，对领兵大将阿巴泰说，明朝要求讲和，你们可答“我等奉命来征，惟君命是听，他无可言。尔如有言，其向我君言之”。又告诉他们如遇到农民起义军，则说你们为明政紊乱，激而成变，我国来征，也正为此。他们如欲遣使来见，即携之而来，有奏疏，即行转达。皇太极清楚地看到当时的中国社会舞台上有三大政治势力在争夺，他作为清朝的统治者，对明与农民军这两大势力都想打交道，但对二者的态度却有不同，他实在是要利用农民军，对付明朝。一时目的没有达到，可是他越来越相信，“明之必亡昭然矣”。
    清朝的发展，皇太极设想为三个步骤，第一步是统一东北，第二步扩大到黄河以北，第三步才是统治全中国。这时他想从第一步向第二步跨越。崇德二年在征朝鲜、征皮岛获得大胜之后，皇太极做了一个梦。梦中他到了明朝，在宫中，仿佛看见了万历帝，仔细一瞧，原来是金代神像给了他一册金史。第二天早晨反复向年院大学士及诸王贝勒说梦并征求意见。大家都说是得国吉兆。但是从梦中所反映的皇太极的志向就是重建第二个金朝。崇德三年六月皇太极对喀尔喀蒙古达尔汉囊苏喇嘛说的一番话，有同样的意思。他说：“昔辽、金、元三国之主，当征战时，西伐厄讷忒黑，东抵朝鲜，北及黑龙江，南至于海，无远弗届。朕今日正与相等也。”第二年皇太极致书明朝皇帝，一方面说自古以来未有帝之裔常为帝；另方面又说辽、金、元亦曾君临天下，暗指他也要像历史那样，以另一个少数民族取代大明的统治。崇德七年，他又用金朝曾占领中原为例，示意将像他们那样入主中原。但是明朝派兵部职方司员外马绍愉到清朝讲和，清朝只提出以宁远双树堡中间土岭沿海至黄城岛以西为界，黄城岛以东属清朝。这只是一种权宜之计。
    皇太极是位杰出的军事家和统帅。他称帝之后，或亲自领兵，或坐镇指挥，其军事活动，是他帝业的重要组成部分。这时他亲自领兵打的第一个大仗是征朝鲜。自从十年前与朝鲜结为兄弟以来，朝鲜仍与明朝藕断丝连，对后金要求政治上尊重，经济上开市贸易，军事上借兵等都寻找借口不肯应允。皇太极每有胜利，都不厌其详地告诉朝鲜，极力想把朝鲜从明朝一边拉过来，但收效甚微。皇太极登帝位的典礼上，最令人扫兴的是朝鲜使臣不拜，这使皇太极非常恼怒，促成了征伐朝鲜战争的爆发。
    崇德元年十一月十九日，皇太极以“朝鲜败盟逆命”为由，决定发兵讨伐。十二月一日，大兵会于盛京(今沈阳)，部署了济尔哈朗留守盛京，阿济格驻牛庄，阿巴泰驻噶海城。第二天征朝鲜的大兵出发，代善、多尔衮、多铎、岳讬、豪格、杜度等随征。全军分左右两翼，右翼由往东京(辽阳)大路，至浑河岸排列，左翼由往抚顺大路排列。上午十时，皇太极大驾起行。朝鲜国王李倧预料“朝夕被兵”，寄希望于明朝支援，实际落空了。清军于十二月十日渡鸭绿江，十三日抵安洲，来势凶猛。李倧召大臣问：“寇已深矣，将如之何？”大臣有的主张抵抗，有的提出逃走。李倧举棋不定。听说清军已过松都，只得奔向四十里外的南汉山城。朝鲜京城哭声震天，南汉山城也被清军包围了。三十日清军入朝鲜京城。第二年正月初四日，清军北渡汉江，距王京二十里驻营。初七日，清军战胜朝鲜全罗、忠清两道援军，但是六十六岁的额驸扬古利被朝鲜一败卒击中身亡。李倧“势穷情迫”，称臣请罪。皇太极要求严惩朝鲜挑起衅端的大臣，同时造船发兵攻入江华岛，获朝鲜王妃、王子及阁臣等人。二十八日，李倧献出两祸首。同一天皇太极提出：必须去掉明国年号，断绝与明交往，献出明国所与诰命册印；国王亲自来谒，以长子并另一子为质，诸大臣也以子弟为质，将来立其质子为嗣；从今以后一应文移，奉大清国正朔，所有节日俱行贡献之礼。使臣往来均遵照明国旧例；有事征伐明国，调兵数目、日期，一切不误，并当即备齐鸟枪、弓箭手及兵船五十艘，助攻皮岛；大军撤还时，欢送，俘获之人逃回执送本主；以后每年进贡一次，黄金百两，白银千两及皮张纸席等物均有定数。三十日李倧亲至皇太极面前伏地请罪。举行受降仪式后，当即留下其长子及次子为质，其余被俘妻子家口二百余人遣送还京。二月初二日，皇太极自朝鲜班师。从此清朝代替明朝把朝鲜变成了藩属。朝鲜对清朝由以前的兄弟之称，更执藩臣之礼。不久阿济格领兵攻克皮岛，斩明将沈世魁等，彻底解除了清朝攻向关内的后顾之忧。
    皇太极对明朝的军事行动仍因山海关的阻隔，分成为入口之战和关外之战。崇德年间一共发动了三次入口之战，每次作战都分出一部分兵力在关外，以为牵制。崇德元年五月派阿济格等领兵出战，六月二十七日分路入边，相会于延庆州，这是第一次入口之战。此战于九月八日阿济格奏捷，其军直入长城，过保定，至安州，克十二城，凡五十六战皆捷，俘人畜十七万九千八百二十，生擒总兵巢丕昌。明兵部尚书张凤翼、总督梁廷栋拥兵不敢出击，清军得以饱掠而归。崇德三年八、九月，清朝发动第二次入口之战，派多尔衮为奉命大将军，岳讬为扬武大将军，分统左右翼伐明。皇太极亲自领兵向山海关作牵制。岳讬自密云东北墙子岭口毁墙而入，多尔衮自董家口东山关西墙缺处入，这是一次关内的大规模军事行动。崇德四年三月多尔衮奏报，两翼兵会于通州河西，由北边过燕京，自涿州分八道南下，京西千里之内六府俱被蹂躏，至山西界而还，复至临清州，渡运河，攻破山东济南府，克城败敌，俘人口二十五万余。右翼杜度奏报其军从燕京西至山西，南至山东，克城败敌，俘人口二十万四千余。两翼俱从迁安回，出青山关，四月凯旋。清军最大的损失是扬威大将军岳讬死于军中。但是明朝损失更大，著名的抗清人物孙承宗、卢象升皆战死。原来明朝的兵部尚韦杨嗣昌主张对清媾和，还说清军不会南下，他们没有火器，等等，实际完全不是那么一回事。崇祯皇帝不但宣布了京师戒严，而且非常忧虑，以致在农民军和清军都攻上来的时候，宁肯暂时放松对农民军的围剿，而把主要力量调到抗清战场上。
    清军第三次入口前，明清在松锦一带展开了萨尔浒之战以后的第二次大决战。明朝看出了只有在东北战场上打败清军才能阻止他们发动关内外的一切进攻。而皇太极更清楚，只有从山海关进攻北京，才能灭亡明朝，或建立如辽、金、元那样的国家。所以在松锦有这样一场大决战并非偶然。自从大凌河之战以后，祖大寿回到明朝就驻守在锦州。吴三桂是大寿之甥，时为副将，祖、吴在辽东拥有强大实力，是明朝倚重的军事集团。清军打不败他，皇太极就用高官厚禄拉拢他的子孙。崇德三年为配合清军入口之战，皇太极亲自领兵攻向宁远、锦州，祖大寿在中后所，打败多铎的军队，皇太极到中后所，要求祖大寿来见，被拒绝。第二年皇太极又领兵围攻松山，旁及连山、塔山、杏山，崇祯召祖大寿救援，皇太极却要他来投降，也没有成功。祖大寿坚守锦州，清军屡攻不克。从崇德六年起，济尔哈朗开始令诸军包围锦州。前此因清军威胁，明朝已调洪承畴入卫京师，至是正式任命洪承畴为兵部尚书兼副都御史总督蓟辽军务，这是准备决战的重要一步。洪氏十月出山海关，调集曹变蛟、王廷臣、自广恩、马科、吴三桂、杨国柱、王朴、唐通八总兵，十三万军队，东来决战。当时祖大寿驻锦州，以松山、杏山、塔山三城为犄角。
    崇德五年三月清兵修义州城。过去清军分出一部分入关，现在全力用于松锦决战。特别是明兵的增援，促使清朝不但把孔、耿、尚的军队调来助围锦州，汉军固山额真石廷柱甚至认为“明必与我并力一战”，我军换防都不必换了。崇德六年八月，皇太极见形势危急，事关重大，亲自领兵进战，不顾鼻子出血，十五日起程，三日后方止。有人建议“徐行”，皇太极说：“朕如有翼可飞，当即飞去，何可徐行也！”经过六天急行军到了松山。皇太极亲征，大大鼓舞了清军的士气。他部署清军自乌忻河南至海，横截大路，绵亘驻营，再在高桥设伏，围追堵截，处处有备。明兵虽号称十三万，能战者只有白、马、吴三总兵所部。洪承畴不愿急战，但崇祯及兵部尚书陈新甲、职方郎中张若麒等皆轻躁促战，洪氏被迫进兵，初获小胜。皇太极采取大包围的攻势，挖深濠困住了明军，洪承畴正欲决一胜负，而诸将以无饷，议回宁远取粮。洪承畴看出：“战亦死，不战亦死；若战，或可冀幸万一。”但部将各怀异志。还没等下令打，王朴已畏敌先逃，于是各帅争驰，败如山倒。逃兵半路被清军伏击，追击，明十三万兵，被斩就有五万。只有曹变蛟、王廷臣突围入松山城，洪承畴与巡抚邱民仰在松山坚守。松山城内兵不过万，外失救援，孤立绝望。洪承畴几次欲突围而出，皆失败。到第二年正月，副将夏承德以其子夏舒为质，密约清军为内应，二月十八日清军入松山，生擒洪承畴。三月初八日，锦州城内的祖大寿也以孤立无援被围一年后投降。四月，清军又攻克塔山、杏山，并毁二城。至此，松锦决战以清军胜利告终。经过松锦决战，明朝军队精锐伤亡殆尽。清朝人说，萨尔浒之战是“王基开”，而松锦之战是“帝业定”。皇太极为大清奠定了一代基业。
    崇德七年，皇太极发动了生前最后一次入口之战。他对这次军事行动提出了异乎寻常的要求，即注意明朝和农民军的动向及应采取合作的态度。这表明皇太极认为大清取代明朝而统治全国已为期不远了。这次进军的统帅是奉命大将军阿巴泰等，两翼大军分别从界岭口及黄岩口毁墙而入，长驱南下，至山东兖州，计克三府、十八州、六十七县，败敌三十九处，获黄金二千二百五十两、白金二百二十万五千二百七十两，俘人民三十六万九千口及牛马衣服等物。但是就在这样的大胜利面前，许多文武大将提出直捣山海关时，皇太极仍坚持既定国策，不轻易冒险。终皇太极之世，清军不曾通过山海关，但没有他们扫清道路，也就不可能有后来的清军入关。
    皇太极死后葬于北陵皇太极在五十岁时，因他心爱的宸妃之死，身体立刻变得虚弱了。皇太极一生娶了十五位妻子，而他最喜欢的是天聪八年娶的博尔济吉特氏，崇德元年封她为关雎宫宸妃。这位妻子贤淑文静，皇太极和她颇恩爱，婚后曾生一子，皇太极高兴至极，为此发布了大清第一道大赦令。这个儿子二岁而殇。崇德六年九月，皇太极正在松锦前线，忽听宸妃病危，急忙赶回盛京，到时宸妃已死。皇太极悲不自胜。从此这位身体一直健壮的大清帝忽而昏迷，忽而减食，常常“圣躬违和”。当年十月初二日，他对诸王及他们的妻子儿女说：“山峻则崩，木高则折，年富则衰，此乃天特贻朕以忧也。”这流露出皇太极已为他年老体衰而不安了。崇德六年以后，皇太极因身体不好，曾发布过大赦令，也减少了处理日常事务的负担，甚至做过祈祷。崇德八年(1643)八月九日，劳累一生的皇太极终于因病在沈阳清宁宫与世长辞，享年五十二岁。后葬于昭陵，即今沈阳北陵。庙号太宗，谥为文皇帝。